本文摘要：目前的下一代基因测序（NGS）市场，Illumina之后独占鳌头。自从发售HiSeqX测序平台以来，大幅度降低了基因测序的成本，即使是研究级全基因组测序的成本仍然平稳在1000美元左右。自此以后，这一水平的唯一竞争对手——华大基因的Revolocity测序仪也变得吃力。 这也引发了许多研究人员猜测，长此以往不会造成这一领域缺少竞争力，造成NGS的发展（最少在短链读者研究上）十分较慢。但令人欣慰的是，NGS在其他领域的应用于发展也十分迅速。

目前的下一代基因测序（NGS）市场，Illumina之后独占鳌头。自从发售HiSeqX测序平台以来，大幅度降低了基因测序的成本，即使是研究级全基因组测序的成本仍然平稳在1000美元左右。自此以后，这一水平的唯一竞争对手——华大基因的Revolocity测序仪也变得吃力。

这也引发了许多研究人员猜测，长此以往不会造成这一领域缺少竞争力，造成NGS的发展（最少在短链读者研究上）十分较慢。但令人欣慰的是，NGS在其他领域的应用于发展也十分迅速。

　　近日，GeneticEngineeringBiotechnologyNews对这些领域做到了一次盘点，笔者对主要内容展开了编译器。　　1.长链读者技术　　NGS在长链读者领域有极大的进展，说明了了基因组合mRNA的复杂性。在基因组的分析过程中，主要的问题是处置反复序列的DNA。如果序列反复的长度要精于基本读者的长度，那么构建参照基因组的唯一同构就不会显得很艰难，甚至是不有可能。

　　无独有偶，基因mRNA的分析过程也面对某种程度的挑战。“大多数基因包括了多个外显子，以至于mRNA的长度比读者范围的长度要长。”PersonalizedHealthcare的BrentonGravely博士回应：“因此，利用长链读者来准确无误的理解特定样品中不存在哪一种异构体，是不太可能的。

”　　OxfordNanopore是一家倍受注目基因测序公司。去年春天，OxfordNanopore首度发售了基于纳米孔技术的测序仪MinION。尽管后来OxfordNanopore延期了月公布的时间，但公司早已显然将它的技术推广到大众。目前，多达1000家研究团队用于是MinION测序仪。

　　在最初版本公布一年之内，通过对酶化学和纳米孔设计的一系列改良，MinION的生产量从严重不足1亿快速增长至多达10亿。从质量，产量和成本来看，MinION与Illumina还不存在一定差距，但OxfordNanopore的仪器却在两方面占有优势：读者长度和可移动性。

　　在使用者的报告中对系统出有，成千数万次读者中的平均值长度多达了10万。DNA的输出质量和以备存储或许是容许读者长度的唯一确实的因素。也就是说，如果符合了输出质量和以备存储，就需要缩短读者长度。

　　同时，MinION还是一款可手执的测序仪，甚至可以在野外已完成数据搜集，不必须将处置后的样品送回实验室再行展开分析。一开始，数据质量相比之下高于Illumina，但经过改良，数据质量早已大幅提高。近期的R9主打快捷模式，在理想环境下，测试的精度早已下降到95%。

　　太平洋生物是宽链读者测序的领导者，近年也是成果丰厚。去年美国人类遗传学会上，公司发布了一个新的平台---Sequel。

这个平台是与罗氏合作开发的成果，比起之前的RSII，在各个方面都有提高。　　与RSII比起，Sequel的输入亲率更大，所占到空间将近之前2/3，成本也只必须之前的一半。仍然以来，太平洋生物科学公司都期望平台需要充分利用，解决问题化学和供应问题，尤其是对可消费的SMRT（singlemolecule，realtime）细胞。目前，这两个问题或许都以求解决问题，公司正在等候第一批客户分解的数据对系统。

　　除了以上两家，行业内有影响力的还有GemCode的10XGenomics，可以从底层短链读者数据分解相连。尽管这项技术还不存在一些瑕疵，比如对于精于底层短链读者的反复片段起到并不大。

但目前平台运作较好，今年早些时候还与Illumina签定了牵头营销协议，如果Illumina的Moleculosynthetic长链读者技术衰落，则协议开始生效。　　尽管有所变革，但长链读者技术，尤其是基因mRNA测序，仍有问题仍急需解决。

“而其中一个问题就是目前这些平台的吞吐量，但更大的问题是，逆转录酶的间断性还过于。”Gravely博士说明道：“在RNA必要测序中，性能优越的逆转录酶可以带给相当大的转变。”　　令其mRNA研究人员激动的是，OxfordNanopore在最近公开发表的一篇论文中指出，他们于是以著手发售利用MinION必要测序RNA的商业试剂盒。

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